Экологи обеспокоены тем, что проекты опреснения морской воды могут оказать негативное воздействие на местное рыболовство и морские экосистемы. Установки опреснения морской воды могут поглотить морскую флору и фауну, особенно личинки рыб, что нанесет ущерб рыбным ресурсам. Кроме того, в процессе опреснения морской воды могут сбрасываться сточные воды и соленая вода, вызывая загрязнение и нарушение морской экосистемы.

В данной статье анализируется структура затрат на процесс опреснения, включая технологию, энергию, масштаб и другие аспекты. Хотя текущие затраты относительно высоки, прогресс в области технологических инноваций, экономии за счет масштаба и управления техническим обслуживанием постепенно приведет к снижению затрат.